黎母山林区是中国珍稀的原始热带雨林保护区之一，总面积19.3万亩，其中林业用地17.3万亩，占总面积89.6%；非林业用地2.0万亩，占总面积10.4%；天然林面积10.9万亩占总面积56%，人工林3.5万亩，占18%；经济林0.5万亩。
黎母山林区地处热带常绿季雨林地带，是中国热带生物资源最丰富的地区之一。森林树种有349种。随着海拔高度的不同，天然植被有明显的垂直地带性，由山顶苔藓矮林，热带山地雨林、沟谷雨林、常绿季雨林、半落叶雨林等5个植被景观带组成。
黎母山林区内植物高大挺直，郁闭，个别植株高可超50米；群落层次复杂，荫生附生植物种类繁多，为多层常绿阔叶混交，热带优质木材、药材及林副产品很丰富，区内有植物94科487种，其中珍稀植物和重要经济植物115种以上，在山地雨林和沟谷雨林100平方米的物种量高达120多种，其中不少物种对生产和科研都有很大价值。海拔300~700米，属季雨林区；海拔500~800米山谷间为热带沟谷雨林；海拔700~1100米为常绿阔叶混交林，海拔1200米以上为高山苔藓矮林，主要是灌木丛。林区有许多稀有珍贵树种，如陆均松、鸡毛松、海南粗榧、卯叶桂、盘壳青冈、红锥、红桐、绿楠、青梅、荔枝、母生、坡垒、油丹、红椤、油楠、海南石梓、吊兰、苦梓、隆楠、红椿等。其中国家重点保护的有55种： 鸡毛松、越南胭脂、海南杜仲藤、富驯野桐(茶）、红稠、海南青冈、饭甑栎、红椤、山楝、香港坚木、海南蒲桃(乌墨）、棕榈、盘壳栎、米椎。
林区木材资源非常丰富，有林地活立木总蓄积231万立方米，其中天然林分196.8万立方米，人工用材林分4.6万立方米，杉木2.2万立方米，松木3.7万立方米。森林覆盖率70.6%，森林资源耗损量4万立方米/年，蓄积年均生长率8．87%。
黎母山林区药用植物资源也很丰富，常用药材有300多种，特产药用植物20多种。年收购量较大的有100多种，名贵稀少的南药品种有40多种，其中价值很高的四大南药槟榔、益智、砂仁和巴戟，久享盛誉；被视为神药的灵芝在林区中也时有发现，具有治癌抗癌特效的海南粗榧在林区中有成片生长，国内外医药界和植物界都极为关注。 海南粗榧、西双版纳粗榧、降香黄檀、岭南檀、土沉香、枇杷、枫树、朴树、桑科桑属、桑科榕属、杜仲、苹婆、假苹婆、胖大海、梧桐科翅子树属及翻白叶、木棉、余甘子、龙脑香科2种（青皮、坡垒）、琼崖海棠(粗喙新海棠）、海南榄仁树、岭南酸枣、盐芙木、油橄榄、黄梁木、莱豆树、香籽含笑、马鞭草、菊花、石仙桃、含果芋、毛巴戟天、假益智、瘤果豆蔻、药用狗芽花、新海棠（所有种、变种）、地坦头、豺皮樟、三义苦、海南山胡椒(粗钓樟）、山苍子、九里香、鹩哥壬、海南蛇根草(七叶一枝花）、灵芝菇、厚皮香八角、两面针、硬壳桂、黄果厚壳桂、沙姜、山姜子、沙仁、生花桂、丛花桂、长序厚壳桂、纯叶厚壳桂、蒲桃、海南蒲桃、黄檀、巴豆、翻山路茶、香桂、海南大风子、无花果、枫香、小果海棠，单花山竹子、花梨木、桃叶石楠、变红蛇根草、蜈蚣藤、香桂(平托）、山桂、白背厚壳桂、卵叶桂、越南灰木。
林区中还生长有许多奇花异草，尤其因幽香高雅、品质超群而古今中外素享盛誉的“王者之香”――海南兰花资源更丰富，已发现97种，海南特有的20多种，著名的有象牙白、玉叶兰、密叶万代兰、特别名贵的是被誉为“天下第一香”的墨兰，还有叶肥茎壮清香四溢的安诺兰等。此外，还有能预知天气变化的知风草，花开似火、烂漫无比的红杜鹃等大量观赏花卉和园林绿化美化树种。